深度空间代谢组学常见Q&A(四)| 空间分辨率-自主发布-资讯-生物在线

深度空间代谢组学常见Q&A(四)| 空间分辨率

作者:上海中科新生命生物科技有限公司 2022-06-09T11:55 (访问量:2518)


各位看官大家好!新一期空间代谢组Q&A又来了!在上一期中,我们介绍了空间代谢组学的数据分析和清洗策略(点击阅读)。这一期,我们将为大家介绍说明空间代谢组学中的空间分辨率。


Q1 什么是空间分辨率?

空间分辨率的定义是一张图像上能进行详细区分的最小像素单元的大小,通常来讲空间分辨率越小,图像包含的信息越多,识别能力也越强。通常一张空间分辨率为50μm图片的信息量约是100μm图片的4倍。


Q2 空间代谢组学中空间分辨率由什么决定?

基于质谱的空间代谢成像时,离子源检测的单位离子化面积的大小,就是空间代谢的空间分辨率。空间分辨率越小,成像谱图越精细,同时单位时间内能检测的样本面积就越小,完成样本检测的整体耗时就越长。


Q3 空间分辨率大小在生物样本分析中的意义是什么?

空间分辨率越小,更容易发现独特代谢群体,揭示组织代谢的异质性。

举例来说,如果一张组织切片全部由直径10μm的细胞组成,50μm空间分辨率成像单个像素大小为50μm*50μm,即每个像素点约是25个细胞的平均代谢物信息,100μm空间分辨率的每个像素约是100个细胞的平均代谢物信息。显而易见的是50μm成像相比100μm成像更容易检测到具有独特代谢模式的细胞亚型或者区域,并避免受到其它细胞群体覆盖。


图1 空间分辨率示意图


Q4 高分辨率成像的挑战是什么?

在传统空间代谢分析平台上,实现高分辨率空间代谢组学成像是一件十分具有挑战性的工作。需要考虑两点,第一是需要实现可精准控制的离子源,避免成像过程中离子化面积不可控,使图像代谢物分布出现误差。第二是因分辨率提高,每个像素点包含的细胞数减少,代谢物总量下降,导致检测中代谢物整体丰度降低,致使最终检测结果中的定性的谢物总数减少。


Q5 中科新生命深度空间代谢组如何实现高分辨率成像?

中科新生命引进Bruker推出的新一代Tims-TOF MALDI 2空间代谢分析平台开发,针对高分辨率成像提出了特有的解决方案。该机型使用新一代独家MALDI 2离子源,该离子源利用激光激发代谢物离子化,相对其它技术诸如带电液滴和气流离子束策略更便于控制,是高分辨率空间成像的不二选择。MALDI 2同时还在原MALDI技术上进行迭代,通过两次激发提升低丰度和中性代谢物信号强度,保证了在高分辨率成像下的代谢物检测数量,实现“真”高分辨率空间代谢成像。


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